核心内容：犯罪嫌疑人的处罚是由法院依法作出相应的处罚决定，法院要依据侦查机关收集的证据，接受检察院的起诉，才能作出相应的处罚。所以犯罪嫌疑人被羁押的时间计算应当从公安侦查机关的侦查阶段、检察院审查起诉阶段和法院的审判阶段三个实体程序进行计算。
一、侦查机关的侦查阶段
侦查机关(公安机关、检察院反贪局)在这个阶段的职责就是收集证据来证明犯罪的成立。期限要求：从犯罪嫌疑人逮捕起算侦查期限2个月。一般案件都可以在这个期限内侦查结束。如果在这个期限内不能完成侦查，根据刑事诉讼法的相关规定，在具备延长条件和办理相关手续后还可以再延长三次期限，第一次可以延长1个月，第二次可以延长2个月，第三次可以延长2个月。侦查机关从一个犯罪嫌疑人被刑事拘留开始侦查到侦查阶段结束，最长办案时间是8月零7天。
二、检察院审查起诉阶段
侦查机关在收集证据后，要把案件的材料移交检察院。检察院在这个阶段要审查案件的事实是否清楚，定性是否准确，证据是否充分，是否符合起诉条件。期限要求：一个月，可以延长半个月，一般的案件在一个半月的期限内可以审查完毕。如果检察院在审查中认为案件存在问题，可以提出补充侦查。补充侦查仅限两次，每次一个月。每次补充侦查后重新计算期限。检察院审查起诉最长期限六个半月。
三、法院的审判阶段
检察院认为案件符合起诉条件，要把案件移交法院审判。法院在这个阶段的职责就是从事实、定性、证据来判断检察院起诉指控的案件是否成立，并根据不同情况作出判决。期限要求：法院审理公诉案件应当在受理后一个月以内宣判，至迟不得超过一个半月。有些特殊案件经过批准，可以再延长一个月。一般案件在两个半月能够审结。
具体的特殊情况：
1、当事人和辩护人申请通知新的证人到庭，调取新的证据，申请重新鉴定或者勘验的，审判人员根据具体情况，认为可能影响案件事实认定的，应当同意该申请，并宣布延期审理，延期审理的时间不得超过一个月，延期审理的时间不计入审限。在这种情况下法院应当在三个半月的审限内审结案件。
2、在庭审过程中，公诉人发现案件需要补充侦查，提出延期审理建议的，合议庭应当同意。但是建议延期审理的次数不得超过两次。在这种情况下法院应当九个半月的期限内审结案件。
3、如果被告人和检察院不服一审判决可以在十日内提出上诉和抗诉，二审法院的审理期限要求与一审相同。