核心内容：运输毒品犯罪的死刑适用。该部分内容是对《大连会议纪要》相关规定的补充和完善，重申了《大连会议纪要》规定的运输毒品犯罪的严惩重点，并对受人指使、雇用运输毒品犯罪的死刑适用作了一些新规定。
主要包括以下几方面内容：
首先，《纪要》新增了对受人指使、雇用运输毒品的被告人适用死刑的总体原则。提出要以区别对待、慎重适用死刑为原则，并明确了决定是否适用死刑时的各项具体考虑因素。
其次，《纪要》对于确属受人指使、雇用运输毒品并系初犯、偶犯的被告人，在《大连会议纪要》的基础上进一步明确了不判处死刑的情形。《大连会议纪要》规定，对于这部分被告人，即使毒品数量超过实际掌握的死刑数量标准，也可以不判处死刑。《纪要》则进一步提出，对于其中被动参与犯罪，从属性、辅助性较强，获利程度较低的被告人，一般不应当判处死刑。这是新增加的内容，目的是进一步严格限制受雇运输毒品犯罪的死刑适用，以突出对运输毒品犯罪的打击重点。
再次，《纪要》明确规定了对不能排除受人指使、雇用运输毒品的被告人不判处死刑的条件。这是对《大连会议纪要》规定的有证据证明明确属受雇的突破，吸收了2010年最高院办公厅下发云南高院的《关于审理运输毒品犯罪案件应切实做好罪刑相当、罚当其罪的函》中的有关内容。主要考虑毒品犯罪隐蔽性强，部分案件难以达到有证据证明确属受雇的证明标准，如果在量刑时完全不予考虑，又有悖罪责刑相适应原则。故近年来各地在审理此类案件时，包括最高人民法院在复核此类死刑案件时，也将不能排除受雇运输毒品的被告人作为慎用死刑的对象。
《纪要》明确规定，不能排除受人指使、雇用运输毒品的被告人同时具备以下两个条件的，可以不判处死刑：一是不排除初次参与运输毒品，二是毒品数量不属于巨大。需要说明的是，“不能排除”并不是无根据的推测，也要求有一定的证据证明，只是没有达到确实、充分的证明标准。最后，规定了对多人受雇运输毒品犯罪的死刑适用，强调要对不同受雇者结合各种量刑因素作进一步区分，同时判处二人以上死刑时要特别慎重。