核心内容：在运输毒品案件中，往往既无法抓捕到“上家”，也无法缉拿到“下家”，行为人还常以不明知是毒品进行抗辩。因此，证明行为人对毒品的明知就成为能否定案的关键。
客观行为是主观心理的外化，客观行为能体现主观心理，故对行为人明知的判断，是一个“主观见之于客观”的过程。因此，以客观事实为依据，通过对证据和事实的审查和甄别，为证明主观明知提供了可能。
刑事诉讼中对待证事实的证明有两种不同的方式：一是通过对直接证据所包含的证据事实进行印证和补强，从而达到证明待证事实的效果；二是通过若干间接证据所包含的证据事实进行逻辑推理，使其形成较为完整的证据锁链，从而排他性地认定待证事实的存在。同时，推定作为司法实践中最为重要的替代司法证明的方法，在毒品犯罪案件认定明知问题上已广泛运用。虽然利用推定和间接证明在认定事实上有相似之处，但二者也有显著区别：一是推定降低了证明要求，间接证明(推论)必须符合证明充分性的一般要求；二是推定具有“法定证据”的制度特征，推论具有“自由心证”的制度特征；三是推定转移了证明责任，推论并未转移证明责任；四是推定确立了事实认定义务，推论并非义务性规定；五是推定是法律问题，推论是事实问题。鉴于此，对于证明行为人对运输毒品的明知，也无外乎通过直接证据证明、通过间接证据证明、推定认定三种方式。
(一)以直接证据证明明知是毒品
采用该种方式证明主观上明知是毒品，只能以行为人供认明知是毒品为前提。由此建立以行为人供述为主，以其他证据印证行为人供述真实性为目的的证据证明体系。如果其他证据确能印证行为人供述的真实性，就能证明其明知是毒品而运输。如肖某运输毒品案件，在其被抓获后供认其受他人委托运输毒品，并供述了毒品藏匿的轿车轮胎中，经检查在轮胎中查获甲基苯丙胺片剂520克，并在包装毒品的内层包装袋上检测出肖某的DNA。根据毒品藏匿位置和DNA检验意见，能佐证肖某供述是真实的，故可以认定肖某对毒品的明知。当然，由于毒品犯罪分子十分狡诈，主动供述的少之又少，因此，在实践中很少能运用该种证明方式。
(二)以间接证据证明明知是毒品
运用间接证据认定明知是毒品，必须注意以下问题：一是每一份间接证据均查证属实；二是间接证据之间能相互印证，不存在无法排除的矛盾；三是间接证据之间形成完整的证据锁链，依据证据得出的结论是唯一的，足以排除合理怀疑；四是利用间接证据进行的推理符合逻辑和经验判断。如在前述张某、杨某运输毒品案中，虽然二人拒绝供认，但有如下在案的间接证据证明其明知是毒品：一是尿液检测报告证明二人均是吸毒人员，其对毒品的性状特征有认识；二是油费发票证明二人系连夜从昆明出发，与正常的外出时间不符；三是有绕行路线的情况。从云南昆明到重庆，本有全程高速公路，但二人绕行高速公路，沿偏僻公路行驶；四是安排人员探路确保安全。二人安排李某前往贵州桐梓探查是否有检查站、警察巡逻，确保安全后再出发；五是张某的手机卡检验报告证明其与“上家”、“下家”通话情况及短信联系情况。综合全案间接证据所包含的事实信息，可以认定二人接受委托后连夜从昆明出发，绕行高速公路，并安排人员探查安全，且用专门手机卡联系上、下家，用三天时间到达沪渝高速公路重庆段一服务区。这些事实均与常情、常理不符，二人对此均不能做出合理解释。因此，在案证据足以证明二人明知是毒品而运输。
(三)以推定认定明知是毒品
以推定方式认定行为人对毒品的明知时，证明基础事实客观存在是前提，论证行为的反常性是基础。现以最高人民法院、最高人民检察院、公安部印发的《关于办理毒品犯罪案件适用法律若干问题的意见》(以下简称“《意见》”)、最高人民法院印发的《全国部分法院审理毒品犯罪案件工作座谈会纪要》(以下简称“《纪要》”)中关于推定明知的规定和司法经验为基础，从毒品交接、运输方式、报酬支付等方面，就如何推定行为人明知是毒品进行归纳和分析。
1.以毒品交接的异常性推定明知。运输毒品案件中，毒品的交接细节的隐蔽性，可成为推定其明知的依据。关于毒品交接的异常性，一般可以从如下方面进行判断：(1)交接的时间。毒品交接的时间，绝大多数都不在白天，而是在深夜或凌晨；(2)交接的地点。毒品交接的地点，不可能在公开场合，而是在非常隐蔽、偏僻的地方；(3)托运毒品的方式。在人货分离型运输毒品案中，行为人在托运毒品时，往往会写虚假的收货人、托运人名字，收货地址也不真实，只要确保能收到毒品即可。此类案件，可以据此推定托运人明知是毒品。另外，运输毒品的行为人，在接受毒品时，委托人也往往不告知明确的收货人、收货人联系方式、毒品交接地点，只会临时告知交接信息，这明显与惯常的交接方式有别；(4)接货方式异常。人货分离型运输毒品类案件，行为人在取毒品时往往在非正常时间，让送货人将毒品送至非指定地点。异常的接货方式，反过来可以证明其明知接受货物的“特殊性”。
2.以运输方式的不合常理性推定明知。一般而言，运输毒品的方式正常与否可以成为判断行为人主观上是否明知是毒品的重要依据。运输毒品的方式主要包括两方面，一是毒品的藏匿位置。毒品的藏匿位置是否具有隐秘性直接反映出行为人对物品重要性和违法性的认识。如实践中常见的采用体内藏毒的方式运输毒品，这种方式不但可能带来生命危险，而且往往与高额的报酬相关联；将毒品藏匿在内裤、胸衣、衣服和箱包的夹层、轿车油箱、轮胎中进行运输，这种方式同样具有一定的隐秘性，往往不易被人发现。这些事实也可以作为推定其明知是毒品的依据。二是行走路线。在正常情况下，基于时间、效率和安全的考虑，货物承运人一般会选择路况较好、行程较短的公路、铁路出行。在运输毒品类案件中，行为人往往可以避开这些线路，绕行相对偏僻、路况较差的县道、乡道。关于车辆移动轨迹证据可以证明故意绕行路线，反映出行为人对运输物品“特殊性”的认识，据此可以推定其明知是毒品。
3.以报酬的非等值性推定明知。出于经济人的理性，成本和收益是其从事经济活动首先考虑的问题。货物运输费用是成本的重要组成部分，如果付出的运费是正常运费的几倍、十几倍甚至几十倍，也就意味着运输物品价值收益的非同寻常，否则，托运方不可能愿意付出如此高额的成本。但多少报酬为不等值，这确实需要进行比较。认定获取的报酬不等值，主要通过同类物品的正常运输价格进行衡量。如果通过雇人专门运送，正常的成本应包括车辆油费、车辆通行费、误工费、往来路费等。就绝大多数的运输毒品案件而言，单宗毒品数量最多为几十斤，从这些毒品的性状、重量为基准，就大体可以衡量出正常的运输成本。如果行为人获取的报酬远远高出正常的运输成本，行为人应当认识到所运输货物的特殊性甚至违法性，进而可以推定出对毒品的明知。获取的报酬超出正常成本越多，认定其明知的程度就越高。
4.以逃避检查的行为推定明知。实践中，推定行为人对毒品的明知，还包括如下积极逃避检查的情形：(1)不主动申报或者伪报携带物品。从正常情况而言，如果执法人员要求如实申报携带物品的种类、数量，为了证明携带物品的合法性，行为人往往会主动积极、全面如实申报。如果怠于申报或者伪报，并从携带的物品中查获物品的，就可以推定其明知是毒品；(2)主动探查有无检查站、有无警察巡逻等。如果正常运输物品，行为人不可能积极探查检查站和警察巡逻情况。常见的方式有两种，一是探查的人在前，运输毒品的人在后，一旦前面发现检查、巡逻情况，及时向在后的人报信；另一种是运输毒品的人先停留在某地，探路者在确认安全后告知运输毒品的人再运送。这些方式明显违背常理，用以推定明知的作用较大；(3)在执法人员抓捕时，有逃跑、丢弃携带物品、抗拒检查等行为，这些可以证明其做贼心虚的心理。
需要注意的是，以推定认定事实，是司法实践的无奈之举，着实减轻了控诉方的证明负担。但正是由于推定本身的特性，即未对如何从基础事实到待证事实的成立进行证明，而是根据基础事实和待证事实之间的常态联系，在以证据证明基础事实的成立后，就直接推定待证事实的存在。既然根据的是二者之间的常态联系，常态之外就可能存在例外，故有基础事实就未必一定有待证事实。因此，在以推定方式认定行为人对毒品的明知时，还应注意两点：一是要充分听取行为人的辩解，允许其提出反证，并应对其辩解和反证进行仔细审查和研判，如果有其辩解具有合理性或者现有证据不能证明其反证的虚假性，就应认定该种推定不成立；二是以单一基础事实为依据推定待证事实成立的可靠性不强，而应充分发掘案件证据和事实，案件具备越多的可以推定待证事实成立的基础事实，综合多个基础事实，推定待证事实的存在，这种可靠性和可信度就越高。如张某以超过正常报酬的3倍报酬运送500克海洛因从甲地到乙地时被抓获，张某否认明知有毒品。是否可以根据《意见》、《纪要》的规定，以张某获取了不等值的报酬运输毒品推定其明知有毒品呢?即使张某对于获取的报酬的不等值性不能作出合理解释，单纯依照这一事实认定张某对毒品的明知的结论就未必符合客观事实。如果还能证明张某具有以高度隐秘方式运输毒品、伪报运输的毒品、绕行正常行走路线等行为，那就足以推定其对毒品的明知。因此，要慎用以推定方式认定行为人对毒品的明知。