根据刑法348条和349条，两者最大的区别是客观行为不同。非法持有毒品罪的客观行为是持有自己所有的非用于贩卖的毒品。而窝藏毒品罪的客观行为是窝藏他人的毒品。
刑法法条第三百四十七条：走私、贩卖、运输、制造毒品，无论数量多少，都应当追究刑事责任，予以刑事处罚。走私、贩卖、运输、制造毒品，有下列情形之一的，处十五年有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处没收财产：
一)走私、贩卖、运输、制造鸦片一千克以上、海洛因或者甲基苯丙胺五十克以上或者其他毒品数量大的;
二)走私、贩卖、运输、制造毒品集团的首要分子;
三)武装掩护走私、贩卖、运输、制造毒品的;
四)以暴力抗拒检查、拘留、逮捕，情节严重的;
五)参与有组织的国际贩毒活动的。
走私、贩卖、运输、制造鸦片二百克以上不满一千克、海洛因或者甲基苯丙胺十克以上不满五十克或者其他毒品数量较大的，处七年以上有期徒刑，并处罚金。
走私、贩卖、运输、制造鸦片不满二百克、海洛因或者甲基苯丙胺不满十克或者其他少量毒品的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金;情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯第二款、第三款、第四款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照各该款的规定处罚。
利用、教唆未成年人走私、贩卖、运输、制造毒品，或者向未成年人出售毒品的，从重处罚。
对多次走私、贩卖、运输、制造毒品，未经处理的，毒品数量累计计算。
另我国刑法规定，贩卖毒品可量刑的起始年龄为年满14周岁。但应该从轻处罚。
《中华人民共和国刑法》第三百四十八条：非法持有鸦片一千克以上、海洛因或者甲基苯丙胺五十克以上或者其他毒品数量大的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金;非法持有鸦片二百克以上不满一千克、海洛因或者甲基苯丙胺十克以上不满五十克或者其他毒品数量较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金;情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
(二)司法解释
1、最高人民法院关于执行《全国人民代表大会常务委员会关于禁毒的决定》的若干问题的解释
2、《最高人民法院关于审理毒品案件定罪量刑标准有关问题的解释》(2000年4月20日最高人民法院审判委员会第1110次会议通过 法释〔2000〕13号)
(三)其它规定
1、最高人民法院印发《全国部分法院审理毒品犯罪案件工作座谈会纪要》的通知
2、最高人民检察院关于加强毒品犯罪批捕起诉工作的通知
3、最高人民法院、最高人民检察院、公安部关于印发《办理毒品犯罪案件适用法律若干问题的意见》的通知